深夜のパリ。薬局に麻薬中毒の少年少女達が金欲しさに乱入し、店主は銃を持って1階の店舗に行くと、そこには店主の息子とその悪友達がいた。店主の説得むなしく、そして警官隊が到着した事によって銃撃戦が始まった。彼らは全て警官隊からの銃弾に倒れ、一見静まり返った店内を警官の一人が調べていると、レジの下に一人の少女、ニキータが蹲っていた。警官が声を掛けると彼女は床に転がっていた銃を手に取り、警官の顎に突きつけ発射する。 警察署。ニキータの取り調べで、名前を聞かれても何も答えないニキータに業を煮やした警官が頬を殴る。そして彼女は机の上に転がっていたボールペンを手に取り、名前を書くのかと思われたが、唐突に警官の手をボールペンで突き刺し、ニキータ、と絶叫した。 警官殺しの罪で終身刑が宣告され、輸送のために薬を打たれながらもニキータはママを呼んで、と言い続けた。そして目が覚めると殺風景なベッドルームに入れられており、そして政府の秘密警察官を名乗るボブが現れた。彼女はそれまでの自分の記録を消され、別の人間として政府に雇われた暗殺者としてここで訓練を受けて生きるかそれとも死ぬかの選択を迫られた。ボブはそれだけ伝えると部屋を出た。そして戻ってくると部屋にニキータはおらず、ボブが部屋に入るとニキータはボブを椅子で攻撃、そのまま彼を人質にして逃げ出そうとするが、出入り口でボブに脚を撃たれる。 別の人間に生まれ変わり、ここで暗殺者としての訓練を受ける事になったニキータはめきめきと頭角を現し、ボブの目に狂いが無かった事が証明された。自分の部屋はスプレーで精一杯落書きをし、柔道の教官の耳に噛み付いたりと暴れる一方だったニキータを、唯一の女性職員アマンダは女としての部分を磨いた。 数年後ニキータの誕生日の日、ボブはニキータを連れて街のレストランに行き、そこで綺麗に飾り付けられた箱を渡す。プレゼントかと思い喜び勇んで箱を開けるが中には拳銃と銃のカートリッジが入れられていた。驚くニキータをよそにボブは淡々と、後ろの席に女とボディーガードを連れて食事している男を殺せ、これが殺し屋としての初仕事だといい店を後にした。ニキータは銃とカートリッジを身に着け、言われるがままに彼らを殺し、そして男性用トイレに行った。ボブはそこにある窓を脱出に使え、と言ったからだ。だがしかし窓はレンガで塞がれており、ニキータは殺した男の部下達と厨房で銃撃戦になる。 ダストシュートから辛くも逃げ出し、大雨の中を裸足で走って秘密訓練所に戻るとボブはニキータの洗練された部屋で彼女の帰りを待っていた。怒りのままに拳を振るうニキータを何とかかわし、今日でここでの生活は終わり、明日からは別のアパートでジョセフィーヌという名前と看護師という職業を持って暮らせ、とボブは告げた。 生まれて初めての一人暮らしに困惑するニキータはスーパーでこじゃれたパリジェンヌの後をつけまわして彼女と同じものを買い、おっかなびっくりに一人暮らしを始めようとしていた。会計の時にレジに立っていた男と恋仲になるが、それでも暗殺者としての仕事は与えられる…。